W procesie budowania społeczeństwa obywatelskiego i realizacji usług społecznych strategicznym partnerem samorządu są organizacje pozarządowe. Początkowo współpraca samorządu krakowskiego koncentrowała się przede wszystkim na finansowym wspieraniu zadań realizowanych przez NGO-sy. Praktyka współpracy tych partnerów wskazała jednakże na konieczność intensyfikacji działań na rzecz trzeciego sektora. Zauważono, że szczególnie istotne jest tworzenie przyjaznych warunków, służących podnoszeniu efektywności i profesjonalizacji działań organizacji pozarządowych. Brakowało realnego i stałego wsparcia magistratu w zakresie świadczenia usług społecznych, integracji środowiska i poprawy jakości komunikacji społecznej. Podjęto więc inicjatywę utworzenia profesjonalnego ośrodka współpracy. Wyrazem wsparcia magistratu dla działalności zarówno nowo powstałych, jak i istniejących organizacji pozarządowych stała się organizacja Miejskiego Ośrodka Wspierania Inicjatyw Społecznych w Krakowie, jako platformy współpracy między samorządem i organizacjami trzeciego sektora.
 
Funkcjonowanie ośrodka służy kreowaniu świadomości obywatelskiej poprzez rozwój dialogu i konsultacji społecznych pomiędzy przedstawicielami I i III sektora. Jest zarazem realnym wsparciem dla organizacji pozarządowych, które w udostępnianych bezpłatnie pomieszczeniach ośrodka realizują własne działania, wdrażają projekty społeczne i prowadzą dyżury dla mieszkańców Krakowa. MOWIS bezpłatnie udostępnia dla organizacji pomieszczenia na biura projektów oraz sale szkoleniowo-konferencyjne i salę komputerową. Taka współpraca służy aktywizacji mieszkańców, przy jednoczesnym racjonalnym wydatkowaniu środków publicznych. Każda organizacja realizująca zadania w MOWIS, wykorzystuje jednocześnie dotacje z Budżetu Miasta Krakowa bądź inne dofinansowanie ze źródeł zewnętrznych. Umożliwienie organizacjom prowadzenia projektów w MOWIS przyczynia się do efektywnego wydatkowania środków publicznych.